金識原(GenseqPM)感染病原高通量檢測

金匙醫學案例追蹤三十:mNGS助力精準鎖定致病原,讓八旬老人轉危為安

【概要描述】患者,女性,83歲,因心肺功能欠佳住院。6次血培養陰性;PICC導管尖端培養結果陰性;尿培養結果陰性。兩次痰培養結果:大腸埃希菌。6次血培養陰性;PICC導管尖端培養結果陰性;尿培養結果陰性。血液送檢mNGS,一天后結果回報:檢出肺炎克雷伯桿菌序列數945條 。停用達托霉素,后患者感染指標逐漸下降,血管活性藥物逐漸減量至減停。患者病情好轉,感染性休克糾正,轉到普通病房繼續治療。   

金匙醫學案例追蹤三十:mNGS助力精準鎖定致病原,讓八旬老人轉危為安

【概要描述】患者,女性,83歲,因心肺功能欠佳住院。6次血培養陰性;PICC導管尖端培養結果陰性;尿培養結果陰性。兩次痰培養結果:大腸埃希菌。6次血培養陰性;PICC導管尖端培養結果陰性;尿培養結果陰性。血液送檢mNGS,一天后結果回報:檢出肺炎克雷伯桿菌序列數945條 。停用達托霉素,后患者感染指標逐漸下降,血管活性藥物逐漸減量至減停。患者病情好轉,感染性休克糾正,轉到普通病房繼續治療。

  

詳情

  1、 基本資料

 

  患者,女性,83歲,因心肺功能欠佳住院。患者既往“腦梗死”病史2年,“氣管切開”2年,“心律失常、心功能不全”病史10年,“慢性腎功能不全”病史2年。近期患者病情相對穩定,間斷呼吸機輔助呼吸,08-01患者出現發熱,最高38.3℃,伴咳嗽咳痰,痰液稀薄,為白粘痰。

 

  2、入院后的檢查結果和診斷

 

  患者神志清楚,間斷呼吸機輔助呼吸。

  查體:T 36.3℃ P 66次/分 R20次/分 BP 124/44mmHg 指氧100% 神志清楚,氣管切開,雙肺呼吸音粗,可聞及少許濕性啰音;心率66次/分,律齊,各瓣膜聽診區未聞及明顯病理性雜音;腹平坦,壓痛、反跳痛查體不合作,無肌緊張,肝脾未觸及;四肢肌力查體不合作,肌張力正常;雙下肢無水腫。

  血常規:白細胞12.80×109/L,中性粒細胞比率 78.3%,血紅蛋白 102g/L,紅細胞 3.05×1012/L,血小板 161×109/L。

  生化:丙氨酸氨基轉移酶 14U/L,天門冬氨酸氨基轉移酶 16U/L,總蛋白 81.6g/L,白蛋白 34.2g/L,前白蛋白 142mg/L,總膽紅素 19.5umol/L,直接膽紅素 13.4umol/L,尿素 25.73mmol/L,血肌酐 162.9umol/L,尿酸 244umol/L,血β2微球蛋白 23.05mg/L,胱抑素C 4.18mg/L。

  圖1. 床旁胸片

  初步診斷:1、肺部感染?2、泌尿系感染?3、中心靜脈導管相關性感染?

 

  因患者長期臥床、間斷呼吸機輔助呼吸,胸部CT示雙下肺不張,不能除外肺部感染;患者為老年女性,既往糖尿病病史,長期臥床,易出現泌尿系感染,不能除外;患者留置PICC導管,時間較長,亦不能除外,且患者病情進展迅速,后出現感染性休克,導管相關性感染可能性較大。

 

  3、mNGS檢測前治療方案與效果

 

  6次血培養陰性;PICC導管尖端培養結果陰性;尿培養結果陰性。

  兩次痰培養結果:大腸埃希菌

  圖2.培養結果及藥敏試驗

 

  患者出現感染后,考慮為院內感染,革蘭氏陰性桿菌可能性大,給予經驗性應用頭孢哌酮舒巴坦,但第二天患者出現血壓下降,休克表現,不能完全除外球菌感染,加用替加環素,入院后患者血小板呈下降趨勢,考慮原因有兩個:1、頭孢哌酮舒巴坦血液系統的副作用;2、感染加重影響造血系統,改為美羅培南聯合替加環素抗感染,但患者血常規提示白細胞明顯升高、血小板明顯下降,PCT波動在12-19pg/ml,且血管活性藥物劑量明顯增加,感染未得到有效控制,但多次血培養及尿培養結果均為陰性,痰培養結果為大腸埃希菌,不能除外中心靜脈導管相關性感染,拔除中心靜脈導管,考慮球菌可能性大,加用達托霉素抗感染,但抗感染效果差,08-07抽血送檢mNGS檢測。

 

  4、mNGS檢查結果

 

 

  送檢一天后,NGS結果回報:檢出肺炎克雷伯桿菌序列數945條 人類皰疹病毒4型序列數7條。

  圖3.mNGS結果

 

  5、mNGS回報后治療方案與效果

 

  抗生素應用情況

 

  圖4.抗生素應用情況

 

 

  感染指標情況

 

  圖5.白細胞及PCT

  圖6.血小板及CRP

 

  圖7.SAA

 

  mNGS結果回報后為肺炎克雷伯桿菌,停用達托霉素,后患者感染指標逐漸下降,血管活性藥物逐漸減量至減停。患者病情好轉,感染性休克糾正,轉到普通病房繼續治療。

 

  6、治療體會

 

  患者入院后考慮為PICC相關的血流感染,但血培養、PICC導管尖端培養均為陰性,沒有細菌培養的證據前,只能經驗性考慮常見的致病菌,例如金黃色葡萄球菌,后患者出現感染性休克,為加強抗感染,加用達托霉素,此時病原仍不明確。送檢mNGS后,24小時即回報結果為:肺炎克雷伯菌,停用達托霉素,針對性使用抗生素后,感染性休克糾正,患者病情好轉。

 

  對于重癥科室來說,常規的病原診斷手段中,各種培養的致病菌檢出率極低,無法為臨床提供良好的病原學證據,往往只能進行經驗性抗感染治療。mNGS敏感性好,特異性強,并且回報時間短,能很好的為臨床解決病原診斷問題,不失為血流感染患者明確診斷的一個好選擇。

 

  該病例中,在明確病原之前,經驗性的在美羅培南基礎上加用達托霉素,雖然實現了病原的廣覆蓋,但同時也增加了患者的住院經濟負擔,mNGS明確病原后,停用了達托霉素,僅僅使用美羅培南,患者病情迅速好轉。這就很好的實現了mNGS對于臨床的重要意義——精準診斷和精準治療,同時也大大減少了患者的住院費用。

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  關于金匙醫學

 

  “金匙Genskey”取“基因鑰匙”的含義,寓意企業以基因科技作為破解感染診斷難題的金鑰匙。金匙醫學的核心技術是感染病原高通量檢測技術,為廣大醫療工作者提供全面、準確、快速的病原微生物檢測產品及服務。金匙醫學研發中心坐落于北京中關村昌平生命科學園,是中關村高新企業,第三方醫學檢驗所分別位于北京、天津、上海、廣州,另在天津建有GMP車間,生產病原診斷醫療器械。

 

  金匙醫學已獲得數個I類,II類注冊證,2項已授權發明專利,二十余項計算機軟著。并與多家頂級臨床院所深入合作,發表4篇高分SCI文章。在新型冠狀病毒疫情期間,金匙醫學聯合四川大學華西醫院開展SARS-Cov-2變異分析研究,并在國際病毒學權威雜志Journal ofVirology發表合作研究論文。

 

  金匙醫學與中日友好醫院、北京大學人民醫院、首都醫科大學附屬北京同仁醫院、四川大學華西醫院、中國醫學科學院血液學研究所血液病醫院、河南省腫瘤醫院、陸道培醫療集團等頂級院所建立了深入合作關系,面向呼吸、血液、檢驗、重癥、感染等科室,提供病原微生物宏基因組診斷產品及檢測服務的整體解決方案。

 

  金匙醫學開發的“新型冠狀病毒(2019-nCoV)IgM/IgG抗體檢測試劑盒(膠體金法)”、“新型冠狀病毒(2019-nCoV)核酸檢測試劑盒(熒光PCR法)”和“新型冠狀病毒(2019-nCoV)核酸檢測試劑盒(可逆末端終止法)”均已取得CE準入資格。2020年7月,金匙醫學研發的病原微生物測序數據分析軟件”成功獲得醫療器械注冊證,該軟件提供包括細菌、支原體、衣原體、立克次氏體、螺旋體、病毒以及真菌的最全類別病原信息,將為臨床感染性疾病的診治提供重要且更為全面的參考。

 

  金匙醫學已獲得國家級科技型中小企業、天津市雛鷹企業、天津市戰略性新興產業領軍企業等榮譽稱號;在CHC醫療咨詢聯合中信證券在線發布的“2019年度中國醫療大健康產業投融資榮譽榜”中榮獲“中國醫療健康產業最佳新銳獎”;在“2020年中關村國際前沿科技創新大賽”中榮登“病毒檢測技術專場TOP10榜單”,同時在2020年榮獲國家高新技術企業稱號。

 

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